Nhiều ý kiến tại hội nghị cho rằng, để chất lượng đào tạo và nghiên cứu tác động thuận lợi cùng chiều, nên tách đào tạo đại học của Bộ Giáo dục & Đào tạo (GD-ĐT) nhập với Bộ Khoa học & Công nghệ (KH-CN), thành Bộ ĐH và KH-CN. Phần còn lại của Bộ GD-ĐT và phần đào tạo nghề nhập lại thành Bộ GD-ĐT.
PGS.TS Nguyễn Tấn Phát, nguyên giám đốc ĐHQG TP.HCM, phân tích, cả nước có hàng trăm ĐH nhưng chưa có ĐH nào được gọi là ĐH nghiên cứu theo đúng nghĩa. Chính vì vậy, việc thành lập Bộ ĐH và KH-CN là rất cần thiết, nhờ đó, nhiệm vụ của đào tạo ĐH và các viện, các trung tâm nghiên cứu sẽ được nâng chất, kết hợp nhuần nhuyễn giữa giảng dạy và nghiên cứu. Đây cũng là cơ sở thuận lợi để các đại học nghiên cứu của Việt Nam định hình.
Đồng quan điểm, GS.TS.NGND Nguyễn Ngọc Giao, Chủ tịch Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật TP.HCM, cho rằng: “Hướng đến ĐH nghiên cứu là định hướng đúng đắn trong xu thế phát triển của GD ĐH tại Việt Nam” .
Theo ông Giao, “Hiện chúng ta chỉ hướng đến số lượng các trường ĐH mà chưa chú trọng đến nâng cao chất lượng. Trường ĐH mọc ra như nấm ở các địa phương, hệ quả là rất nhiều trường ĐH không đạt chuẩn, không đủ cơ sở vật chất, thiếu đội ngũ giảng dạy, thiếu cả sinh viên theo học…
Trong khi đó, Bộ GD-ĐT nhiều lúc can thiệp quá sâu vào hoạt động các trường ĐH, cản trở tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm của nhà trường. Trong khi nhiều vấn đề thuộc phạm vi chức năng của mình, Bộ lại không làm tốt. Chẳng hạn, “Quy định tỷ lệ giảng viên cơ hữu/sinh viên”, hay “tỷ lệ diện tích mặt bằng/sinh viên” đúng ra phải được áp dụng khi xét duyệt việc thành lập trường ĐH, thì nay mới ban hành, đẩy nhiều trường ĐH vào thế kẹt, ông Giao dẫn chứng.
Đất Việt 14/4/2012